審計的內(nèi)容主要可分為以財務(wù)活動為對象的內(nèi)部財務(wù)審計和以經(jīng)營管理活動為對象的經(jīng)濟效益審計兩大類。但在具體實施審計時，二者又是互相聯(lián)系、交叉、滲透的。審計人員正是通過對這兩部分內(nèi)容的聯(lián)系審計來促進審計工作目標的實現(xiàn)的。一般地，審計工作的內(nèi)容包括以下幾部分： 
一、財政財務(wù)收支審計 
同外部審計相比，內(nèi)部審計實施的財政財務(wù)收支審計僅限于對本部門、本單位及所屬各部門、各單位財政財務(wù)收支進行的真實、合法和效益審計。由于各部門、各單位的資金來源狀況及資產(chǎn)、負債管理情況不盡相同，內(nèi)部審計的重點也各不相同。對有國家財政資金介入的部門、單位，不僅要審查其自身財務(wù)狀況，還須重點檢查財政資金的使用渠道和使用方向。 
1.行政單位的內(nèi)部財政財務(wù)收支審計，重點是各級國家權(quán)力機關(guān)、行政機關(guān)、審判機關(guān)、檢察機關(guān)、各黨派、社會團體及其在境外的派出機構(gòu)的行政經(jīng)費、罰沒收入和行政性收費的真實、合法和效益性。 
2.事業(yè)單位的內(nèi)部財政財務(wù)收支審計，重點是各項事業(yè)經(jīng)費收支的真實、合法和效益性，包括用于科學(xué)、教育、文化、衛(wèi)生、廣播影視、地震、體育、民政、外交及農(nóng)業(yè)、工業(yè)、交通、郵電通訊、商業(yè)貿(mào)易、工商行政、商品檢驗等各項事業(yè)發(fā)展的經(jīng)費。這里，既包括財政預(yù)算撥款的審查，也包括財政預(yù)算外安排的各項資金、事業(yè)周轉(zhuǎn)金和事業(yè)性收費的審查。 
3.企業(yè)單位(包括金融企業(yè))的內(nèi)部財政財務(wù)收支審計，重點是其資產(chǎn)、負債和損益的真實、合法和效益性。審查的主要內(nèi)容：企業(yè)制定的各項制度是否符合國家有關(guān)法律法規(guī)的要求；企業(yè)一定時期內(nèi)擁有的資產(chǎn)、承擔的債務(wù)、經(jīng)營成果及其分配情況的真實、合法性；企業(yè)占有的國有資產(chǎn)的安全、完整和保值增值情況。 
二、經(jīng)濟效益審計 
財政財務(wù)收支審計是內(nèi)部審計的基礎(chǔ)，經(jīng)濟效益審計則是內(nèi)部審計發(fā)展到現(xiàn)階段的特殊內(nèi)容。而且，隨著市場經(jīng)濟競爭的加劇，質(zhì)量和效益已成為每個企業(yè)發(fā)展的直接決定力；通過內(nèi)部審計找出經(jīng)營管理中存在的問題，提出改進措施，以提高經(jīng)濟效益，也成為企業(yè)管理者設(shè)置內(nèi)部審計機構(gòu)和人員的主要目的。內(nèi)部審計人員在財務(wù)收支審計的基礎(chǔ)上進行效益審計，有許多方便之處：一是熟悉本單位情況，可以有針對性地做深入細致的調(diào)查工作；二是有足夠的時間深入生產(chǎn)經(jīng)營的各個環(huán)節(jié)，及時取得有關(guān)資料和信息；三是內(nèi)部審計的相對獨立地位，有利于提供客觀、真實、可靠的信息，更好地為改善本部門或本單位的經(jīng)營管理、提高經(jīng)濟效益服務(wù)。 
1.行政單位內(nèi)部審計所進行的經(jīng)濟效益審計，是結(jié)合行政單位財政財務(wù)收支的真實性、合法性審查，通過對行政經(jīng)費使用情況的檢查和分析，促使行政單位節(jié)約開支，提高行政經(jīng)費管理水平，提高行政效能，同時也促進行政單位的廉政建設(shè)。 
2.事業(yè)單位內(nèi)部審計所進行的經(jīng)濟效益審計，是結(jié)合事業(yè)經(jīng)費籌集、管理、分配和使用等財政財務(wù)收支活動的真實性、合法性審查，通過對事業(yè)經(jīng)費使用情況的檢查和分析，促進有關(guān)事業(yè)單位加強事業(yè)經(jīng)費的管理，提高事業(yè)經(jīng)費的使用效益。 
3.企業(yè)單位(包括金融企業(yè))內(nèi)部審計所進行的經(jīng)濟效益審計，主要從改進生產(chǎn)經(jīng)營和完善內(nèi)部管理制度兩個方面入手。一方面，內(nèi)部審計通過對企業(yè)供、產(chǎn)、銷各環(huán)節(jié)，人、財、物各要素的檢查、分析，提出建設(shè)性意見，可以幫助本部門、本單位負責人制定改進生產(chǎn)經(jīng)營的措施，提高經(jīng)濟效益；另一方面，內(nèi)部審計通過評價本部門、本單位的內(nèi)部控制，發(fā)現(xiàn)管理缺陷，提出管理建議等手段，可以幫助本部門、本單位完善內(nèi)部管理機制，提高經(jīng)濟效益。 
三、經(jīng)濟責任審計 
經(jīng)濟責任審計是指審計人員依法對經(jīng)濟責任人所承擔的經(jīng)濟責任的執(zhí)行情況進行的審查。內(nèi)部審計人員進行的經(jīng)濟責任審計，是結(jié)合日常的財政財務(wù)收支審計及經(jīng)濟效益審計進行的，一般側(cè)重于經(jīng)營責任目標的審計；并通過審計資料和信息的積累，為離任責任審計服務(wù)。內(nèi)部審計人員在執(zhí)行經(jīng)營責任目標審計時，首先通過分析企業(yè)盈虧指標、國有資產(chǎn)保值增值指標、業(yè)務(wù)經(jīng)營指標和企業(yè)職工收入分配指標及各項指標的影響因素，確定審查的重點；然后再抓住幾個關(guān)鍵的指標，進行局部審查以便及時找出錯誤所在，糾正偏差，改進提高，最終促進任期經(jīng)營目標的實現(xiàn)。