1、適用范圍不同：
農(nóng)產(chǎn)品進項稅額核定扣除適用以購進農(nóng)產(chǎn)品為原料生產(chǎn)銷售液體乳及乳制品、酒及酒精、植物油的增值稅一般納稅人。
計算扣除適用于其他納稅人直接從農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者處購進免稅農(nóng)產(chǎn)品的情形。
2、扣除率不同：
農(nóng)產(chǎn)品進項稅額核定扣除適用的扣除率是銷售的產(chǎn)成品的稅率，可以是13%，也可以是9%。
計算扣除適用于10%
3、計算的方法不同：
農(nóng)產(chǎn)品進項稅額核定扣除分為投入產(chǎn)出法、成本法、參照法。
投入產(chǎn)出法
當期允許抵扣農(nóng)產(chǎn)品增值稅進項稅額＝當期農(nóng)產(chǎn)品耗用數(shù)量×農(nóng)產(chǎn)品平均購買單價×扣除率/(1＋扣除率)
當期農(nóng)產(chǎn)品耗用數(shù)量＝當期銷售貨物數(shù)量(不含采購除農(nóng)產(chǎn)品以外的半成品生產(chǎn)的貨物數(shù)量)×農(nóng)產(chǎn)品單耗數(shù)量
成本法
當期允許抵扣農(nóng)產(chǎn)品增值稅進項稅額＝當期主營業(yè)務成本×農(nóng)產(chǎn)品耗用率×扣除率/(1＋扣除率)
農(nóng)產(chǎn)品耗用率＝上年投入生產(chǎn)的農(nóng)產(chǎn)品外購金額/上年生產(chǎn)成本
參照法
新辦的試點納稅人或者試點納稅人新增產(chǎn)品的，試點納稅人可參照所屬行業(yè)或者生產(chǎn)結(jié)構(gòu)相近的其他試點納稅人確定農(nóng)產(chǎn)品單耗數(shù)量或者農(nóng)產(chǎn)品耗用率。
計算扣除
進項稅額=買價×10%