建設投資是否含稅對政府和社會資本方影響較大。營改增之后，發(fā)改委、住建部等項目投資管理部門之前發(fā)布的《建設項目經(jīng)濟評價方法與參數(shù)》(第三版)等相關指導文件尚未及時修訂，加上PPP項目目前尚處于政策完善和探索實踐之中，在項目實施方案編制和招標等階段，建設投資是否含稅問題操作上不盡相同，對政府付費影響較大。
 
PPP項目付費機制包括政府付費、可行性缺口補助、使用者付費三種模式。使用者付費類項目運營、市場、測算風險等主要由社會資本方承擔，是市場化行為，在此不作討論。對于政府付費和可行性缺口補助類的項目，增值稅的計算對項目能否順利運營影響較大。根據(jù)《政府和社會資本合作項目財政承受能力論證指引》，政府付費模式付費金額計算公式為：
 
當年運營補貼支出數(shù)額=項目全部建設成本×（1+合理利潤率）×（ 1+年度折現(xiàn)率 ）+ 年度運營成本×（1+合理利潤率）
 
財政運營補貼周期（年）
 
可行性缺口補助模式政府補貼金額計算公式為：
 
當年運營補貼支出數(shù)額=項目全部建設成本×（1+合理利潤率）×（ 1+年度折現(xiàn)率 ）+年度運營成本×（1+合理利潤率）-當年使用者付費數(shù)額
 
財政運營補貼周期（年）
 
兩個計算公式中，項目全部建設成本即為《建設項目經(jīng)濟評價方法與參數(shù)(第三版)》中的建設投資，在PPP項目運作過程中，建設投資是否含稅對政府付費金額和企業(yè)能否正常運營影響均較大。一些機構在設計方案時，或是有意或是因專業(yè)知識欠缺，將含稅價計入建設投資，加大政府支付負擔，造成了國家財產損失，因此明確建設投資是否含稅顯得迫切而重要。
 
建設投資應作不含增值稅計算。在營改增之前，建筑業(yè)征收營業(yè)稅，營業(yè)稅作為價內稅，其金額包含在工程造價成本內，建設投資包含營業(yè)稅。2016年5月1日，營改增全面推行，PPP項目工程建設相關參數(shù)也發(fā)生了變化。為適應營改增的要求，住建部下發(fā)《住房城鄉(xiāng)建設部辦公廳關于做好建筑業(yè)營改增建設工程計價依據(jù)調整準備工作的通知》，明確了工程造價可按以下公式計算：工程造價=稅前工程造價×（1+９%）
 
其中，９%為建筑業(yè)增值稅稅率，稅前工程造價為人工費、材料費、施工機具使用費、企業(yè)管理費、利潤和規(guī)費之和，各費用項目均以不包含增值稅可抵扣進項稅額的價格計算，相應計價依據(jù)按上述方法調整。
 
因此，項目公司從建設施工單位收到的增值稅專用發(fā)票金額包括建設投資和增值稅進項兩方面的金額，其中，建設投資即為項目全部建設成本，政府根據(jù)設計好的付費機制給予資金成本和合理利潤，增值稅進項待項目進入運營期后由增值稅銷項稅額進行抵扣。