根據(jù)《財(cái)政部國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于全面推開(kāi)營(yíng)業(yè)稅改征增值稅試點(diǎn)的通知》（財(cái)稅〔2016〕36號(hào)）附件2規(guī)定，試點(diǎn)納稅人發(fā)生應(yīng)稅行為，在納入營(yíng)改增試點(diǎn)之日前已繳納營(yíng)業(yè)稅，營(yíng)改增試點(diǎn)后因發(fā)生退款減除營(yíng)業(yè)額的，應(yīng)當(dāng)向原主管地稅機(jī)關(guān)申請(qǐng)退還已繳納的營(yíng)業(yè)稅。因此，您公司應(yīng)向原主管地稅機(jī)關(guān)申請(qǐng)退還已繳納的營(yíng)業(yè)稅。