根據(jù)《財政部國家稅務(wù)總局關(guān)于全面推開營業(yè)稅改征增值稅試點的通知》（財稅〔2016〕36號）附件2規(guī)定，試點納稅人發(fā)生應(yīng)稅行為，在納入營改增試點之日前已繳納營業(yè)稅，營改增試點后因發(fā)生退款減除營業(yè)額的，應(yīng)當(dāng)向原主管地稅機(jī)關(guān)申請退還已繳納的營業(yè)稅。因此，您公司應(yīng)向原主管地稅機(jī)關(guān)申請退還已繳納的營業(yè)稅。