一、增值稅發(fā)票管理辦法的規(guī)定
《中華人民共和國發(fā)票管理辦法》第三十一條使用發(fā)票的單位和個人應(yīng)當(dāng)妥善保管發(fā)票。發(fā)生發(fā)票丟失情形時，應(yīng)當(dāng)于發(fā)現(xiàn)丟失當(dāng)日書面報告稅務(wù)機(jī)關(guān)，并登報聲明作廢。
《國家稅務(wù)總局關(guān)于公布取消一批稅務(wù)證明事項(xiàng)以及廢止和修改部分規(guī)章規(guī)范性文件的決定》（國家稅務(wù)總局令第48號）第二條第二款規(guī)定，刪去《中華人民共和國發(fā)票管理辦法實(shí)施細(xì)則》第三十一條中的“并登報聲明作廢”。
所以，納稅人發(fā)現(xiàn)丟失發(fā)票的當(dāng)日，需要書面報告稅務(wù)機(jī)關(guān)。
二、丟失增值稅普通發(fā)票的處理
《財政部關(guān)于印發(fā)《會計(jì)基礎(chǔ)工作規(guī)范》的通知》（財會字〔1996〕19號）第五十五條規(guī)定：（五）從外單位取得的原始憑證如有遺失，應(yīng)當(dāng)取得原開出單位蓋有公章的證明，并注明原來憑證的號碼、金額和內(nèi)容等，由經(jīng)辦單位會計(jì)機(jī)構(gòu)負(fù)責(zé)人、會計(jì)主管人員和單位領(lǐng)導(dǎo)人批準(zhǔn)后，才能代作原始憑證。如果確實(shí)無法取得證明的，如火車、輪船、飛機(jī)票等憑證，由當(dāng)事人寫出詳細(xì)情況，由經(jīng)辦單位會計(jì)機(jī)構(gòu)負(fù)責(zé)人、會計(jì)主管人員和單位領(lǐng)導(dǎo)人批準(zhǔn)后，代作原始憑證。
所以，丟失增值稅普通發(fā)票發(fā)票聯(lián)次，應(yīng)當(dāng)在發(fā)現(xiàn)丟失當(dāng)日報告稅務(wù)機(jī)關(guān)，并取得發(fā)票記賬聯(lián)復(fù)印件加蓋發(fā)票專用章、開票單位加蓋公章的證明，由單位會計(jì)機(jī)構(gòu)負(fù)責(zé)人、會計(jì)主管人員和單位領(lǐng)導(dǎo)人批準(zhǔn)后，作為入賬依據(jù)。
三、丟失增值稅專用發(fā)票的處理
國家稅務(wù)總局公告2020年第1號《國家稅務(wù)總局關(guān)于增值稅發(fā)票綜合服務(wù)平臺等事項(xiàng)的公告》四、納稅人同時丟失已開具增值稅專用發(fā)票或機(jī)動車銷售統(tǒng)一發(fā)票的發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)，可憑加蓋銷售方發(fā)票專用章的相應(yīng)發(fā)票記賬聯(lián)復(fù)印件，作為增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額的抵扣憑證、退稅憑證或記賬憑證。
納稅人丟失已開具增值稅專用發(fā)票或機(jī)動車銷售統(tǒng)一發(fā)票的抵扣聯(lián)，可憑相應(yīng)發(fā)票的發(fā)票聯(lián)復(fù)印件，作為增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額的抵扣憑證或退稅憑證；納稅人丟失已開具增值稅專用發(fā)票或機(jī)動車銷售統(tǒng)一發(fā)票的發(fā)票聯(lián)，可憑相應(yīng)發(fā)票的抵扣聯(lián)復(fù)印件，作為記賬憑證。
所以，納稅人丟失增值稅專用發(fā)票抵扣聯(lián)或發(fā)票聯(lián)的，在發(fā)現(xiàn)丟失當(dāng)日書面報告稅務(wù)機(jī)關(guān)。兩聯(lián)都丟失的，要取得記賬聯(lián)復(fù)印件，并加蓋開票方發(fā)票專用章作為抵扣進(jìn)項(xiàng)稅、退稅憑證和記賬憑證；丟失其中一聯(lián)的，以另一聯(lián)次的復(fù)印件代替丟失聯(lián)次使用。
文件中對丟失專用發(fā)票抵扣聯(lián)與發(fā)票聯(lián)抵扣時，并沒有要求提供《丟失增值稅專用發(fā)票已報稅證明單》。參考京國稅函〔2018〕1號《關(guān)于北京稅務(wù)局取消丟失專票免開稅務(wù)證明的文件》，失專用發(fā)票的抵扣聯(lián)，以發(fā)票聯(lián)復(fù)印件作為抵扣聯(lián)使用時，不需要提交《丟失增值稅專用發(fā)票已報稅證明單》。
四、丟失增值稅電子發(fā)票的處理
國家稅務(wù)總局公告2020年第1號《國家稅務(wù)總局關(guān)于增值稅發(fā)票綜合服務(wù)平臺等事項(xiàng)的公告》第二條第二款“增值稅電子普通發(fā)票版式文件格式為OFD格式。單位和個人可以登錄全國增值稅發(fā)票查驗(yàn)平臺（）下載增值稅電子發(fā)票版式文件閱讀器查閱增值稅電子普通發(fā)票。”
所以，受票方如丟失或損毀已開具的增值稅電子發(fā)票打印件，可以根據(jù)發(fā)票代碼、發(fā)票號碼、開票日期、開具金額（不含稅）等信息，在全國增值稅發(fā)票查驗(yàn)平臺（）查驗(yàn)通過后，下載電子發(fā)票。如沒有掌握相關(guān)信息，也可以向開票方重新索取原電子發(fā)票。
五、丟失機(jī)動車統(tǒng)一發(fā)票的處理
參考國家稅務(wù)總局公告2020年第1號《國家稅務(wù)總局關(guān)于增值稅發(fā)票綜合服務(wù)平臺等事項(xiàng)的公告》第四條，丟失機(jī)動車銷售統(tǒng)一發(fā)票發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)，與丟失增值稅專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)的處理辦法一樣。
稅總貨便函【2017】127號《國家稅務(wù)總局貨物和勞務(wù)稅司關(guān)于做好增值稅發(fā)票使用宣傳輔導(dǎo)有關(guān)工作的通知》三、機(jī)動車銷售統(tǒng)一發(fā)票開具規(guī)定
(七)納稅人丟失機(jī)動車銷售統(tǒng)一發(fā)票的，如在辦理車輛登記和繳納車輛購置稅手續(xù)前丟失的，應(yīng)先按照以下程序辦理補(bǔ)開機(jī)動車銷售統(tǒng)一發(fā)票的手續(xù)，再按已丟失發(fā)票存根聯(lián)的信息開紅字發(fā)票。
補(bǔ)開機(jī)動車銷售統(tǒng)一發(fā)票的具體程序?yàn)椋?.丟失機(jī)動車銷售統(tǒng)一發(fā)票的消費(fèi)者到機(jī)動車銷售單位取得機(jī)動車銷售統(tǒng)一發(fā)票存根聯(lián)復(fù)印件（加蓋銷售單位發(fā)票專用章）；2.到機(jī)動車銷售方所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)蓋章確認(rèn)并登記備案；3.由機(jī)動車銷售單位重新開具與原機(jī)動車銷售統(tǒng)一發(fā)票存根聯(lián)內(nèi)容一致的機(jī)動車銷售統(tǒng)一發(fā)票。