一般情況下，核銷附件二（生產企業(yè)進料加工海關手冊核銷申請表的實際分配率跟免抵退系統(tǒng)反饋的不一致）的原因主要有兩種： 
 
首先，企業(yè)報送的申報數(shù)據(jù)和實際歷史數(shù)據(jù)存在準確性差異，導致實際分配率與免抵退系統(tǒng)反饋的不一致。此外，進料加工企業(yè)未能及時向海關報送有效的憑證，或者憑證上的金額與實際發(fā)生的金額存在差異，也會影響核銷附件二的結果。 
 
此外，生產企業(yè)未能按照海關要求，登陸免抵退系統(tǒng)實施核銷，或者對統(tǒng)計賬冊管理不嚴格，對統(tǒng)計賬冊審核不及時，也會影響核銷附件二的結果。 
 
從以上可以看出，免抵退系統(tǒng)反饋的實際核銷率不一致，主要是由于企業(yè)管理方面存在一定的問題，因此企業(yè)在辦理核銷程序時要加強自身管理，遵守相關規(guī)定，及時報送準確的申報數(shù)據(jù)，避免出現(xiàn)實際分配率跟免抵退系統(tǒng)反饋的不一致的情況。 
 
此外，在辦理免抵退程序時，為了準確、及時的核銷，生產企業(yè)還可以利用技術手段管理海關賬冊，以及報關單等統(tǒng)計文件，提高核銷的效率和準確性。