稅務局代開運費發(fā)票的稅率是6%。這是國家稅務總局規(guī)定的，即服務費、運費、運雜費等在國內運輸過程中產生的費用，均應繳納6%的增值稅，應由稅務機關代開發(fā)票。例如，某物流公司在國內運輸過程中產生1000元的運費，則需要繳納60元的增值稅，稅務機關會代開一張1000元運費發(fā)票，其中增值稅部分為60元，其他部分為940元。