您好，直接出口和間接出口是申報(bào)時(shí)是需要分開(kāi)填列的，具體方法如下： 
一、關(guān)于轉(zhuǎn)廠銷(xiāo)售額申報(bào)問(wèn)題 
  以進(jìn)料加工貿(mào)易方式進(jìn)行生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)的外商投資企業(yè)，在進(jìn)行日常增值稅納稅申報(bào)和“免、抵、退”稅申報(bào)時(shí)，其從事間接出口業(yè)務(wù)的產(chǎn)品銷(xiāo)售收入（即轉(zhuǎn)廠銷(xiāo)售收入）暫視作免稅貨物銷(xiāo)售通過(guò)"免稅銷(xiāo)售“反映。企業(yè)在填寫(xiě)《增值稅納稅申報(bào)表》時(shí)，可將轉(zhuǎn)廠的銷(xiāo)售額反映在第8欄"免稅貨物”；為銜接好日常增值稅納稅申報(bào)和“免、抵、退”稅申報(bào)，并便于企業(yè)填寫(xiě)和分（區(qū)）局審核，可在《深圳市生產(chǎn)企業(yè)自營(yíng)（委托）出口貨物“免、抵、退”稅預(yù)申報(bào)表》及《匯總申報(bào)表》中增添“免稅貨物銷(xiāo)售額”一欄以反映轉(zhuǎn)廠銷(xiāo)售額。 
  二、關(guān)于轉(zhuǎn)廠銷(xiāo)售涉及進(jìn)項(xiàng)轉(zhuǎn)出問(wèn)題 
  1、國(guó)內(nèi)進(jìn)項(xiàng)轉(zhuǎn)出外商投資企業(yè)轉(zhuǎn)廠銷(xiāo)售的貨物中，購(gòu)買(mǎi)國(guó)內(nèi)原材料所負(fù)擔(dān)的進(jìn)項(xiàng)稅額不予退稅，也不得從內(nèi)銷(xiāo)貨物的銷(xiāo)項(xiàng)稅額中抵扣，應(yīng)計(jì)入產(chǎn)品成本處理。 
 
  轉(zhuǎn)廠貨物不得抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額 =當(dāng)期全部進(jìn)項(xiàng)稅額×當(dāng)期轉(zhuǎn)廠銷(xiāo)售額/當(dāng)期全部銷(xiāo)售額 
 
  2、進(jìn)口料件模擬進(jìn)項(xiàng)轉(zhuǎn)出 
 
  轉(zhuǎn)廠貨物進(jìn)口料件模擬進(jìn)項(xiàng)轉(zhuǎn)出=當(dāng)期海關(guān)核銷(xiāo)免稅進(jìn)口料件組成計(jì)稅價(jià)格×征稅率×當(dāng)期轉(zhuǎn)廠銷(xiāo)售額/（當(dāng)期直接出口銷(xiāo)售額＋轉(zhuǎn)廠銷(xiāo)售額）