北京市跨區(qū)施工企業(yè)**不一定需要辦理外管證**，預(yù)繳稅款通常在**機(jī)構(gòu)所在地進(jìn)行預(yù)繳**。

對(duì)于是否需要辦理外管證的問(wèn)題，如果建筑施工企業(yè)的注冊(cè)地與項(xiàng)目所在地在同一個(gè)直轄市內(nèi)但不同區(qū)，是否需要辦理外管證取決于注冊(cè)地主管?chē)?guó)稅機(jī)關(guān)的規(guī)定。根據(jù)國(guó)家稅務(wù)總局的公告，納稅人可以申請(qǐng)辦理《外經(jīng)證》，并通過(guò)電子稅務(wù)局的相關(guān)流程進(jìn)行報(bào)驗(yàn)管理。因此，建議咨詢(xún)當(dāng)?shù)氐亩悇?wù)機(jī)關(guān)以獲取確切的指導(dǎo)意見(jiàn)。

至于預(yù)繳稅款的處理，一般有兩種情況：收到預(yù)收款時(shí)在機(jī)構(gòu)所在地進(jìn)行預(yù)繳，并在次月申報(bào)期前完成預(yù)繳工作。預(yù)繳稅款的具體計(jì)算方式依據(jù)是采用一般計(jì)稅方法還是簡(jiǎn)易計(jì)稅方法而有所不同。一般計(jì)稅預(yù)征率為2%，而簡(jiǎn)易計(jì)稅預(yù)征率為3%。賬務(wù)處理上，例如在預(yù)收房款的情況下，應(yīng)預(yù)繳增值稅按照相應(yīng)的適用稅率和預(yù)征率計(jì)算。

綜上所述，對(duì)于跨區(qū)施工的建筑企業(yè)來(lái)說(shuō)，是否需辦理外管證以及如何處理預(yù)繳稅款，都需要根據(jù)具體情況和當(dāng)?shù)囟悇?wù)規(guī)定來(lái)確定。