從目前的形勢看，事業(yè)單位財務制度整體上不健全，執(zhí)行《事業(yè)單位會計準則》難度較大，整體上來講，事業(yè)單位財務存在以下五個問題：

一、預算有待進一步加強

主要表現(xiàn)在預算編制、執(zhí)行以及考核三個方面：

預算編制方面，對預算編制重要性認識不足，簡單地采用增量預算法編制預算不準確，部分部門未將應納入單位預算管理的預算外資金統(tǒng)一納入單位預算，隱瞞、截留財政資金和其他收入，私設小金庫。預算支出隨意性也大，超發(fā)津貼、獎金，超支業(yè)務費的現(xiàn)象普遍，審批制度不嚴格，“?？畈粚Ｓ谩钡默F(xiàn)象經常發(fā)生。財務部門的考核也只停留在表面，存在一定的隨意性和盲目性。

二、缺少有力的上級支持

一些事業(yè)單位領導缺乏財務管理意識，不重視財務管理工作，不了解財務管理的政策法規(guī)。財務管理應有的輔助決策和監(jiān)督控制功能沒有得到發(fā)揮。

另外，很多事業(yè)單位側重于經費支出審批程序等會計基礎工作，忽視了預算管理、資產管理、財務分析等職能，財務管理過于簡單。缺乏科學的理財和成本意識，不注重資金的使用效益，管理體制不健全。

三、銀行賬戶開立混亂，票據(jù)管理不規(guī)范

近年來，事業(yè)單位多頭開戶的現(xiàn)象越來越嚴重，造成資金分散，不易管理，給審計稽核和財務監(jiān)督工作帶來困難。另一方面，事業(yè)單位的票據(jù)管理存在許多違紀問題。比如領購手續(xù)不健全，核銷上存在監(jiān)督漏洞；票據(jù)存根與入賬金額不符等。

貨幣資金管理有漏洞，部分事業(yè)單位變相隱瞞截留收入，賬外資產問題嚴重；相關職務沒有分離；現(xiàn)金管理問題很多；通過往來賬戶對真實收入掩蓋，從而偷逃稅；資金使用缺乏計劃性，費用開支不透明，導致事業(yè)單位經費緊缺。

四、資產管理混亂、賬實不符

財產清查制度不健全、管理權責不清，尤其體現(xiàn)在固定資產上。有的單位長期以來未對固定資產進行盤點和清理，資產使用效率低，流失嚴重；監(jiān)督機制不健全；固定資產出租管理不到位且混亂，取得的收益不上繳財政專戶。事業(yè)單位缺乏制度化和程序化管理，導致腐敗發(fā)生，虛增資產價值。

五、整體會計人員素質較低

會計人員專業(yè)素質參差不齊，有相當一部分未經過系統(tǒng)的財會知識培訓，理財觀念陳舊，知識欠缺，方法落后。另外，事業(yè)單位會計基礎工作較薄弱。如原始憑證各項內容不全、以假充真，收付款憑證概念不清、審核不嚴；財務報告內容不全、根據(jù)單位領導的授意進行“編報”、普遍沒有報表分析說明等。