小規(guī)模企業(yè)開具的增值稅專用發(fā)票，在交納企業(yè)所得稅時是可以扣除的。首先，根據(jù)增值稅法律規(guī)定，企業(yè)在開具增值稅專用發(fā)票時就占有該發(fā)票上的稅款，可以在交納企業(yè)所得稅階段中扣除。其次，在交納企業(yè)所得稅時，除了可以扣除增值稅，還可以扣除其他應稅勞務收入所繳納的增值稅和經(jīng)營稅，也可以扣除相關企業(yè)預繳的增值稅稅款。最后，為了保障企業(yè)在交納企業(yè)所得稅時能夠按時正常地扣除增值稅，企業(yè)必須按時繳清增值稅，確保發(fā)票的真實性，并保管好自己的增值稅發(fā)票以供報稅用。