實(shí)際操作中，就有一例房地產(chǎn)舊商鋪交易土地增值稅因征收方法不同而產(chǎn)生的巨額差異。某納稅人轉(zhuǎn)讓自建房中的一層店面266.79平方米，轉(zhuǎn)讓單價(jià)25000元/平方米，轉(zhuǎn)讓金額為6669750元。該店面經(jīng)專業(yè)機(jī)構(gòu)評(píng)估，重置成本價(jià)重新折扣后為1365333元，繳納相關(guān)稅費(fèi)377471.14元，所購(gòu)地價(jià)款200000元不能提供合法支付憑證。

相關(guān)計(jì)算方法：①按核定征收方法征收土地增值稅，應(yīng)繳稅款=6669750×6%=400185(元);②按舊房土地增值稅政策據(jù)實(shí)征收，其中扣除項(xiàng)目金額為=1365333+377471.14=1742804.14(元)(地價(jià)款不予扣除)，增值額=6669750-1742804.14=4926945.86(元)，增值率=4926945.86÷1742804.14×100%=282.70%(適用稅率為60%、速算扣除率為35%)，應(yīng)繳納土地增值稅=4926945.86×60%-1742804.14×35%=2346186.07(元)，與核定征收400185元相差近200萬(wàn)元。

因此，地稅機(jī)關(guān)在征收房地產(chǎn)舊商鋪交易土地增值稅時(shí)，不能簡(jiǎn)單地一核了之。

《財(cái)政部、國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅若干問(wèn)題的通知》(財(cái)稅〔2006〕21號(hào))第二條第二款規(guī)定，核定征收的情形是：對(duì)于轉(zhuǎn)讓舊房及建筑物，既沒(méi)有評(píng)估價(jià)格，又不能提供購(gòu)房發(fā)票的，地方稅務(wù)機(jī)關(guān)可以根據(jù)《中華人民共和國(guó)稅收征收管理法》第三十五條的規(guī)定，實(shí)行核定征收。但現(xiàn)實(shí)情況是，個(gè)人購(gòu)買的舊房一般都有正式發(fā)票，自建的房屋也有評(píng)估報(bào)告，房地產(chǎn)舊商鋪交易直接用核定征收方法征收土地增值稅的情形非常少。所以，對(duì)房地產(chǎn)舊商鋪交易土地增值稅，地稅機(jī)關(guān)應(yīng)視情形采用不同的征收方法，盡量避免核定征收，以防范稅收?qǐng)?zhí)法風(fēng)險(xiǎn)。