由于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)所開發(fā)項目跨度時間長，企業(yè)取得土地使用權原因特殊，有些企業(yè)對開發(fā)項目的土地成本資料重視不夠，造成后期清算時由于無法提供或無法齊全提供資料等原因而發(fā)生諸多的涉稅風險。

土地成本是計算土地增值稅的一項重要內(nèi)容，是決定開發(fā)項目稅負的主要因素。在土地增值稅清算審核時，稅務機關主要審核房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)取得土地使用權所支付金額的真實性、合理性以及取得票據(jù)的合規(guī)性。審核判斷的原則主要是看取得的土地是否屬于本清算項目、是否應當取得而未取得合法有效憑證、款項支付是否真實發(fā)生等。

例如：A工業(yè)企業(yè)2007年接受B企業(yè)以10畝工業(yè)性質(zhì)土地使用權投資，雙方確認的投資價值為1500萬元。2010年B企業(yè)通過股權轉(zhuǎn)讓方式將所持該企業(yè)的全部股權轉(zhuǎn)讓給A企業(yè)。2012年，A企業(yè)將這10畝工業(yè)性質(zhì)用地變性為商品房開發(fā)用地并向國土部門補繳土地出讓金800萬元。2013年，A企業(yè)開發(fā)建造一普通標準住宅樓盤，2015年3月達到可清算條件并經(jīng)稅務機關通知清算。8月A企業(yè)向稅務機關提交了清算報告及相關資料，確認的土地成本為2340萬元，清算項目的增值率為18.7%，因符合當?shù)匾?guī)定的普通住宅標準而申請免征土地增值稅。

主管稅務機關對A企業(yè)提供的土地成本合法有效憑證進行審核，確定清算項目的土地成本應為840萬元（含契稅），B企業(yè)取得土地使用權時的成本因無合法有效憑證不能扣除，項目增值率為22.3%。因此，該項目不符合普通住宅的免稅條件，應當補繳土地增值稅1300多萬元。

企業(yè)針對審核結果提出異議，認為該土地是通過投資取得且投資成本1500萬元是經(jīng)過雙方確認的，有投資合同作為憑證，應算本企業(yè)當時取得土地使用權的成本，如果現(xiàn)在清算按投資企業(yè)的歷史成本計算，原投資企業(yè)早已注銷，現(xiàn)在根本無法再取得。

A企業(yè)的意見無法得到稅務機關的認可。

那么，在土地增值稅清算管理中，涉及的土地成本怎樣確認？開發(fā)企業(yè)應提供哪些合法有效憑證？企業(yè)清算前期怎樣完整收集呢？根據(jù)日常清算管理經(jīng)驗來看，應當按照取得土地使用權的不同情況來處理：

通過招、拍、掛方式取得土地

出讓方為政府授權的國土資源管理部門，由國土資源管理部門與開發(fā)企業(yè)簽訂土地出讓合同或協(xié)議，收取土地使用權出讓金、開具規(guī)定的收款收據(jù)，其房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)的土地成本資料清楚明確，收集簡便，稅務機關在清算審核時，開發(fā)企業(yè)需提供土地使用權出讓合同或協(xié)議、土地使用權證復印件、國土資源管理部門開具的收款收據(jù)、契稅完稅票據(jù)、款項支付憑證即可確認土地成本。

非房地產(chǎn)企業(yè)重組方式取得土地

這種方式包括企業(yè)整體改制、合并、分立、投資等。根據(jù)《財政部、國家稅務總局關于企業(yè)改制重組有關土地增值稅政策的通知》（財稅〔2015〕5號）規(guī)定，企業(yè)改制重組后再轉(zhuǎn)讓國有土地使用權并申報繳納土地增值稅時，明確了應以“改制前”取得該宗國有土地使用權所支付的地價款和按國家統(tǒng)一規(guī)定繳納的有關費用，作為該企業(yè)“取得土地使用權所支付的金額”扣除。

由于非房地產(chǎn)企業(yè)重組涉及房地產(chǎn)的轉(zhuǎn)移，在營改增前規(guī)定不征營業(yè)稅和暫不征收土地增值稅。同時，在重組、投資時，企業(yè)都會涉及資產(chǎn)價值的評估和賬記歷史價值的改變，在上例業(yè)務中，由于房地產(chǎn)賬記歷史價值的改變涉及后期土地增值稅的計算，如果在扣除上沒有發(fā)票等合法有效憑證作支撐，那么企業(yè)開發(fā)后或直接轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)，在進行土地增值稅清算時，重組雙方的合同或協(xié)議、評估報告等均不能作為土地增值稅扣除項目的合法有效依據(jù)。因此，按照財稅〔2015〕5號文件的征管要求，企業(yè)應在重組時，不管后期的經(jīng)營方式、經(jīng)營戰(zhàn)略怎樣，一定要齊全收集并妥善保存原土地使用權取得方的歷史資料，即原土地使用權取得方的土地使用權證、國土資源部門的收款收據(jù)、契稅完稅票據(jù)、款項支付憑證復印件，并加蓋原土地使用權人印章，便于后期清算時作為合法有效的扣除憑證提供。否則，土地成本難以得到稅務機關的扣除認可。

以評估價值作為“取得土地使用權所支付金額”扣除的例外情形。根據(jù)財稅〔2015〕5號文件規(guī)定，企業(yè)在重組改制過程中經(jīng)省級以上國土管理部門批準，國家以國有土地使用權作價出資入股的，再轉(zhuǎn)讓該宗國有土地使用權并申報繳納土地增值稅時，應以該宗土地作價入股時省級以上國土管理部門批準的評估價格，作為該企業(yè)“取得土地使用權所支付的金額”扣除。辦理納稅申報時，企業(yè)應提供該宗土地作價入股時省級以上國土管理部門的批準文件和批準的評估價格，不能提供的不得扣除。

房地產(chǎn)企業(yè)之間重組方式取得土地

根據(jù)財稅〔2015〕5號文件規(guī)定，房地產(chǎn)企業(yè)在實施整體改制、合并、分立、投資方式時，其土地使用權、房產(chǎn)的轉(zhuǎn)移暫不征土地增值稅。但對其發(fā)生的資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓行為是否應取得或開具發(fā)票，各地稅務機關都有不同的掌握處理辦法。因此，房地產(chǎn)企業(yè)因重組而接受土地使用權時，要加強與當?shù)刂鞴芏悇諜C關的聯(lián)系與咨詢，凡要求必須取得發(fā)票的，一定要按規(guī)定取得發(fā)票；對不需要取得發(fā)票的，要完整收集好相關重組合同協(xié)議，原土地使用權證、原土地使用權人的土地增值稅納稅申報表和稅收繳款書復印件并加蓋印章，作為后期土地增值稅清算時的合法有效扣除證明憑證。

原自有土地變性用于房地產(chǎn)開發(fā)

一些老企業(yè)，取得國家劃撥用地或取得工、商業(yè)性質(zhì)用地從事生產(chǎn)經(jīng)營多年后，因城市規(guī)劃調(diào)整或企業(yè)經(jīng)營轉(zhuǎn)向，通過補繳土地出讓金后，將原自用經(jīng)營性用地變性為商品房開發(fā)用地自行開發(fā)，一定要齊全收集好原土地使用權取得時所支付款項的原始憑證和后期變性所補繳的土地出讓金、契稅憑證、相關土地合同協(xié)議，便于后期清算時作為合法有效扣除憑證提供。